林肯迫切需要一个人来组建与训练军队，研究制定进攻南方的战略。林肯决定试一试狂傲、不可一世的乔治-麦克莱伦。
麦克莱伦有极高的声望和出色的组织能力，从这一点来讲，林肯不可能找到一个更合适的人了。但麦克莱伦的一个致命缺点掩盖了他军事生涯中的所有优秀表现，那就是他总是瞻前顾后，一筹莫展，习惯于过度地思考分析问题，而不肯采取行动，他根本就不愿意去战斗。
上任将近3个月过去了，麦克莱伦仍然没有采取任何行动，林肯只能一次次督促他行动。1862年1月27日，林肯发布了一道总统命令，希望借此来鞭策麦克莱伦投入战斗。
命令中说，2月22日“美国地面和海上军队将对叛军展开总攻”。林肯独自起草了这道命令，没有征求任何人的意见。他以这种前所未有的方式，决定自己一人承担起战争的指挥重任，以使联邦摆脱这种僵持的局面。
但是，战斗的命令尤如石子投入大海，没有得到任何响应。直到1862年3月，麦克莱伦仍然按兵不动。内心的失望加上来自国会和内阁的压力，迫使林肯毅然决然采取措施来改变这种不利的局面。3月11日，距任命麦克莱伦为联邦军总司令仅四个半月，林肯不得不剥夺了麦克莱伦的部分职权，同时还增设了两个新军区，即密西西比军区和山地军区，由亨利-哈勒克将军任密西西比军区指挥官，弗里蒙特将军为山地军区指挥官。
事实上，直到这一刻，林肯仍然希望以此来激发这位将军的斗志，但总统的期待再一次被无情地击碎了。麦克莱伦继续拖延进攻，甚至还要求给予部队更多的补充以应付被他错误高估的敌军。1862年4月9日，林肯只得再一次地给麦克莱伦写信督促他采取行动。
但是，在林肯发出此封信之后的一个月，麦克莱伦的军队继续延误战事，林肯只得在陆军部长斯坦顿和财政部长蔡斯的陪同下亲临前线督战。而麦克莱伦竟然借口脱不开身不肯前来与林肯会合。林肯只好亲自承担起领导战争的重任。
然而，麦克莱伦将军好像并没有因此而受到触动，他依然我行我素。虽然林肯这时仍不愿撤换麦克莱伦将军，但他知道要想有所改变，就必须当机立断地撤换将军。1862年7月11日，林肯委任哈勒克将军为联邦军总司令，这时距他将麦克莱伦的职权一分为三仅仅四个月时间。这样一来，麦克莱伦只得向这位自己昔日的部下屈就了。当他任命哈勒克的时候他想了很多，第一步他决定让哈勒克全权决定战争的进展，他甚至赋予他在必要的时候解除麦克莱伦职务的权力。
不幸的是，哈勒克的表现与他的前任一样，林肯行将遭遇到最大的挫折。
在对哈勒克的任令下达3个半月之后，林肯再一次对联邦军队进行了重组。1862年10月21日，他任命麦克勒南德为密西西比军区司令，23日任命罗斯克兰斯为坎伯兰军区司令。11月5日，林肯解除了麦克莱伦的职务。
格兰特关于进攻亨利要塞和多纳尔森要塞的计划，再度被摆到密西西比军区司令哈勒克和白宫的军事参谋们的桌面上。
正当格兰特的军队渡河南下、格兰特致哈勒克的信送达之际，白宫的军事家们正交头接耳面面相觑。林肯总统匆匆从议会赶来，他一边皱着眉头一边听哈勒克报告事情的全部经过。
“你怎么看，将军？”林肯反问哈勒克。
“格兰特是一个太过于冒险的人，他会破坏我们整个军事计划，总统先生。”
“我们先瞧一瞧他在此之前都做了什么，”林肯拿起格兰特的简历。
“1861初，两次胜利。第一次使用水陆两栖战法，成功地切断敌军北部的外围防线。”
“1861年下半年，攻占开罗和巴杜卡，控制了俄亥俄河沿线。”
林肯走到人群的中间，示意所有人安静下来，他举着格兰特的信对众人说道：
“先生们，我已经听够了我们的将军们关于战争困难--准备不足啊、兵力不够啊、敌人太强大的描述。只有这个人使我振奋、欣慰。我认为格兰特是一个了不起的人。当我们全军准备防御的时候，他却要开始进攻。这需要巨大的勇气，攻击亨利要塞是一个充满想像力的计划，没有比这个计划更激动人心的了。没有必胜的信心，他是不会下此军令状的。哈勒克，让他去干吧。不要束缚他的手脚，我相信格兰特会干得很好。”
保罗-布鲁尔后来在评论格兰特所指挥的这场战役时，曾经由衷地称赞道：“北方将领乌塞斯-辛-格兰特表现出了无与伦比的魄力和想像力。”他同时不无揶揄地说道：
“当南方指挥官阿尔伯特-约翰逊意识到这一危险之际，格兰特已经完成了这一充满创造力的军事计划，战争的成败已见端倪。”
格兰特于1864年3月被任命为北军总司令。他被授予陆军中将军衔，这个军衔在内战前只授予过两次，一次授予华盛顿，另一次授予斯科特。从一开始总统就欣然允许格兰特充分自行处理事务。在回答总统的信中，格兰特写道：“从我自愿参军为国效劳的第一天直到今天，从未有过一件事使我抱怨。我随便要什么东西总是立刻答应，甚至不需要作任何说明，这一直使我惊讶不已。我的成功如果小于我的期望，那我至少可以说，并不是你的过错。”
格兰特在他的《回忆录》中就林肯对待军队情况的方式讲了一个富有意味的故事。总统给他讲了下面这样一个故事：“从前，动物之间发生了一场大战，交战的一方怎么也找不到一个有充分自信的指挥官。最后，他们找到了一只名叫乔科的猴子，他说他能统率他们的军队，只要把他的尾巴加长一点就行。所以他们就弄来一根尾巴，把它接在他的尾巴上。他向它赞赏地看看，心想应该再加长一点。于是又加了一条尾巴，可他还不满足。尾巴一接再接，直到最后，乔科的尾巴盘起来把整个房间都塞满了。他还是一个劲地要更多的尾巴，由于没有盘的地方了，他们就把尾巴绕在他肩上。他不断地要，他们就不断把更多的尾巴绕在他身上，最后，尾巴的重量终于把他压垮了。”格兰特回答道：“总统先生，除非我发现我手头有的东西没法办事，否则，我决不会要求更多的援助。”
【致格兰特将军的信及电报】
1、华盛顿总统官邸，1863年7月13日
格兰特少将：
我亲爱的将军，我想不起我俩在哪见过面。此时，我写这封信是因你为国家作出了不可估量的贡献而向你表示感激。我希望再说一句，你当初率部抵达维克斯堡附近时，我曾以为你应当去做，而你最终也做到了这件事情--率领部队穿过瓶颈地带，使各炮兵连与运输队一道前进，随后乘势向下游进发；而我只是一味地希望你比我更懂得排兵布阵，却从未对亚祖山口之类的远征抱有成功的期望。当你向下游进逼并攻占吉布森港、格兰德湾及其邻近地区时，我认为你应当沿河直下，并与班克斯将军会师；而当你转向北方朝大黑河以东进军时，我生怕这是一个错误。而此时我想亲自向你承认，你是正确无误的，是我犯了错。
你的非常真诚的
A-林肯
2、华盛顿总统官邸，1863年8月9日
亲爱的格兰特将军：
从你的来电中我意识到你明显倾向于远征摩比尔。要不是考虑到近来在墨西哥发生的事变，这个主意对我也会很有吸引力的。尽快在西得克萨斯重建国家权力机关的重要性，我是一刻也不敢忘怀的。然而，我没想要下达这样的命令。至少在眼下，我要将这事留待总指挥官去做。
对另一个问题我也想说一下。托马斯将军又去了密西西比河谷，他想在那儿组建一支黑人部队。我没有理由担心对这同样的事情你是否能做得合情合理。我深信这是一种人力资源，如果现在能将它加以充分利用就能早日结束这场战争。这种资源有双重作用，既能削弱敌方的力量又能增强我方的实力。但这要等到河道畅通无阻之后，我们才有机会去做。我以为，现在起码能够，也必须迅速地在沿河两岸组织起十万大军，这样就可以让驻守在那里的白人部队换防去守卫其他地方。
达拉先生是知道你意图的，他相信解放奴隶的宣言对你的军事行动曾有所助益。如果真是这样的话，那我非常高兴。你是否收到了我7月13日写给你的一封短信？
你非常真诚的
A-林肯
3、华盛顿陆军部，1864年7月10日
格兰特中将：
你发给哈勒克将军的涉及我对目前危机的看法的电报我已经看到了。哈勒克将军称我们这里绝对没有任何一支部队适合开赴前线。他认为我们仅凭一百个白班工作人员和这里的伤病员，就可以保卫华盛顿，甚至还可以保卫巴尔的摩。另外，在哈泼斯渡口还有豪指挥的没多大指望的大约八千人，与此同时亨特将军正极为缓慢地向那里靠近，他的部队有多少人马我想你比我更为清楚。昨日，华莱士率领一些残兵败将以及赶上里基茨的部分人马在莫诺卡西被打得惨败，故而不能期望其余部会再来保卫巴尔的摩了。我十分担心，我们能够从宾夕法尼亚和纽约获得的兵力将会是寥寥无几的。因此我现在认为，你应当在你有把握守住的地方保留足够的兵力，并亲自率领其余部队，在这附近地区尽力去彻底打败敌军。我认为如果这次行动神速的话，真能找到一次绝佳的机会打个痛快的歼灭仗。这只是我对你建议的看法，而不是一道命令。
A-林肯
4、合众国军用电报局陆军部，1864年7月17日
格兰特中将：
在你昨天发给谢尔曼将军的电报中，我看到了以下的措辞，即“我将在此作殊死一搏，去夺取足以扼制敌军而又无需太多兵力守卫的阵地。”
随着时间的过去，我们压力备增，现在听你这么一说，我真感到高兴，不过我真希望你能想出个好法子，使得这殊死一搏不致于付出伤亡惨重的代价。
A-林肯
5、华盛顿合众国军用电报局陆军部，1864年8月3日
格兰特中将：
来电获悉。你电告说“我打算让谢里登将军指挥战场上的所有部队，咬住南部之敌，猛追穷寇，将其全歼。敌军逃向哪里，我军就紧追到哪里”。我认为，我军的这种行动方针是极其正确的。但请你重新翻阅你发出此令之前甚至之后所收到的发自此间的每份电文，看你能否在此间的任何人的心目中发现“咬住南部之敌”，或者朝任何方向“猛追穷寇，将其全歼”的意图。我再次向你重申：这既不可能办到，也不必尝试，除非你时时刻刻都等候着这种时机出现，并强行行事。
A-林肯
6、华盛顿合众国军用电报局陆军部，1864年8月14日
格兰特中将：
陆军部长与我全都认为，你最好同李将军商谈一下，约定彼此之间不得再有焚烧民房和其他毁坏私人财产的举动。至于商谈的时间、方式和约定的详细条款，我方就委托你酌情而定。
A-林肯
7、华盛顿总统官邸，1864年8月17日
格兰特中将：
来电收悉。你表示不愿放弃掌控的地方，我也同样如此。要像恶犬一样死死咬住对方，并尽可能地嚼碎它、吃掉它。
A-林肯
8、华盛顿合众国军用电报局陆军部，1864年9月29日
格兰特中将：
我略微有点担忧李会增援厄尔利，因而使他能对谢里登杀个回马枪。可我希望这话不至令你产生什么顾虑或者起到不良影响。
A-林肯
9、华盛顿总统官邸，1865年1月19日
格兰特中将：
你阅读和回复此信时，请别将我当作一位总统而只当作是一位普通友人吧。犬子现年22岁了，哈佛大学毕业，想在战争结束之前，去亲身体验一下战争的滋味。我不希望授予他军衔，或委以任何职位，许多服役了很长时间的人比他更有资格，也更有权利去享有这种待遇。他能否在不太令你为难，或者说不给部队带来任何损害的情况下，让他顶着一个空头衔进入你的军人之家？他所需的一切费用均由我来承担，不用公家花消。如果不便，则请坦诚相告，不必多虑，因为我也非常担心，唯恐你受到了拖累。
你真诚的
A-林肯
10、华盛顿合众国军用电报局陆军部，1865年3月9日
格兰特中将：
你发给陆军部长的电报我已亲阅，获悉你反对允许叛军俘虏在发誓后便予以自由的做法。假如由我照此办法来负责处理这一条通行的法规，也不曾有哪位法官判决，准许战俘只需发个誓便可获释。可是，一直以来，总是有不少国会议员不时带着名单来找我，信誓旦旦地说，凭借他与名单上的那些人过去的交往，以及可靠人士的担保，他们可以确信，将那些人释放掉是不会招致危害的，于是我便下令将他们放掉了。这些议员主要来自边境诸州，他们请求释放的俘虏大都是他们的乡邻和乡邻的儿子。他们对我说，他们收到了许许多多的名单，而带给我的还不及总数的十分之一，他们自称对这些人十分了解，或者能证明这些人定会信守誓言。依照同样的原则，我还释放了许多由国会议员之外的人--比如像田纳西州州长约翰逊--呈递的名单上的人。其实我并不情愿释放这么多人--我估算了一下，自从最近开始全面交换战俘以来，几乎平均每天要释放50人之多。去年，由于同样的原因，我前前后后释放了大量的密苏里人和肯塔基人，或许总计有一千多人，据返回这里的那些州的国会议员们对我报告说，那获释的俘虏回到家乡后，仅有两人违背了誓言。毫无疑问，违背誓言的可是大有人在。总而言之，我相信，我所做的这一切，一直是利多弊少的。
A-林肯
11、波因特市合众国陆军总司令部，1865年4月2日
格兰特中将：
请允许我，为了这次始料未及的大捷，特向你和你军的全体将士致以全体国民的由衷谢意。承蒙你的盛情相邀，我想我明日定会到你处看望。
12、波因特市合众国陆军总司令部，1865年4月6日
格兰特中将：
昨日，国务卿西华德从马车中摔出，伤势严重。因为此事，加上其他事务缠身，我只得立即动身前往华盛顿。昨日和前天，我均待在里士满，坎贝尔法官前来见我（2月份他曾和亨特、斯蒂芬斯一道来过），经他再三请求，我终于答应交给他一份非正式文件，重申了我在写给西华德的指示信中所提到的那些建议（你一定还记得的），并补充道，如果叛军现在还要顽抗到底，那么起码要没收他们的财产来补偿额外的军费开支；但无论哪个叛乱州的民众，如果现在立即真心实意地撤回他们的部队，撤回对叛乱行动的其他支援，不再与政府为敌，那么他们的财产可以不予没收。坎贝尔法官认为，弗吉尼亚的叛乱议会，如果得到授权，决定照后一种方针行事，也并非没有这种可能。所以，我给韦策尔将军发去了一封私人信件（我已允许坎贝尔法官过目），告诉他说，如果他们想那样办，就准许他们，并提供相应的保护；如果他们露出了任何与合众国为敌的苗头，便要立即通知他们限期撤离，逾期逗留者要予以逮捕。
我并不认为这么做一定会有好结果；可我想最好还是预先通报你一下，这样一来如果你看到了某种迹象，也不致于感到迷惑不解。从你近来发来的电文看，你好像已相当有效地制止住了弗吉尼亚军队对政府的反抗势头。我现在要做的任何事情，以及将要去做的任何事情，全都不会延误、阻扰或干涉你的工作。你忠诚的
13、波因特市合众国陆军总司令部，1865年4月7日
格兰特中将：
谢里登将军说，“如果乘勇追击穷寇，我认为李将军必将屈膝投降。”那就紧追穷寇吧。
A-林肯
带着一颗孤独的心，年轻的林肯在生活的道路上独自踯躅。起初待在斯普林菲尔德的日子里，他似乎比过去更加孤单。他不知道，现在的新生活能给自己带来什么。这段日子里，会给林肯带来不安的只有玛丽-欧文斯--他的准未婚妻。因为她还是经常来斯普林菲尔德看望亲戚，到时，他们俩还会共度晚上的时光，而后林肯会把她送回家去；有时，林肯骑马去纽塞勒姆时，也会去她那儿坐一坐。这样，两个人便都有机会彼此进一步了解，也就更加发现了两个人的不合谐。当然，此时他们二人的事情尚在未定之中。林肯觉得自己有义务履行结婚诺言，而玛丽则似乎仍在期待着对方首先开口；二人都不愿意明白地谈及此事。林肯写了一封信寄给玛丽，分析了两人的关系。
这实在是封很精彩的信！这个本该和玛丽结婚，却又想要挽救自己的男人就是以这种笔调来表达自己愿望的。自小养成的规矩以及内心日益形成的理智处事和酌情放弃的性格，使他无法直接按自己的意愿行事。他难道不是聪明地想用“贫穷”这个正当的理由来引出“既然如此，就让我们分手吧”这样一个结论吗？他其实并没有对玛丽本人做出过任何承诺。而玛丽在这一年，甚至更长的一段时间里不也清楚地发现了他的矜持，想给他时间，给他自由吗？但林肯想让玛丽来说出这最后的一句话。平日接触中他只是用极其礼貌的语言暗示她。看到这封信，人们绝不会想到，它是出自一个就在六年以前还是伐木工人和船夫的青年人之手。他提到了在这种情况下，他虽不得不同意她妹妹搬走的决定，但却打心眼儿里不希望她离开纽塞勒姆，因为一想到自己会看不到她的房子，无法和她随时坐在一起交谈，他就会感到难过。这也表现他作为一个单身汉的不安和生活浪漫无羁的愿望。
游戏却又继续了一段时间：拜访，不辞而别，归来，如此这般周而复始；最后，林肯终于下定决心，要做个了断，他给玛丽又写了一封信。
这次他讲得更清楚了，最后的落款用“您的朋友”代替了“您的林肯”，从而拉开了二人之间的距离。林肯想，玛丽肯定能够理解他的意思以及他做出的决定了。而他也可以轻松地、问心无愧地面对自己、面对后辈了；只是人们不知是应该慨叹这位伐木工人的高尚品格呢，还是该惊讶于这位律师以如此娴熟的技巧使自己最终摆脱危机？玛丽是如何答复的已无处可查，只知道，最后林肯跨出了意外的一步：他还是向她求婚了。然而结果怎么样呢？林肯甚至不敢相信：玛丽竟然拒绝了他的求婚。