1806年1月26日，拿破仑离开维也纳回到巴黎，受到无数狂欢民众的欢迎。几天后，一个令人兴奋的消息传来：拿破仑的死敌、英国首相威廉·皮特去世，英国要求与法国签订和约。威廉·皮特是第三次反法同盟的创立者和鼓吹者，他希望这个耗费了几百万黄金建立起来的联盟能够阻止法国向英国进攻。然而，奥斯特里茨一战使得这一联盟土崩瓦解。议员们开始指责威廉·皮特，反对党要他下野，皮特经受不住精神上的震动，就此一病不起，过了几个星期便一命呜呼。格兰维尔继任为英国首相，他任命了同情法国大革命的福克斯为外交大臣。福克斯一贯反对皮特的对外政策，他真诚希望法国和英国能和平相处。于是，福克斯派亚尔默思勋爵去巴黎进行和谈。
拿破仑向亚尔默思勋爵表示：如果英国在他的条件下签订和约，他愿把汉诺威还给英王。消息传到普鲁士，整个宫廷大为震怒。普鲁士曾用了两个侯国交换了汉诺威，只是由于英国因此要对其宣战，才让拿破仑的军队继续驻扎该地。如今拿破仑又将汉诺威作为与英国和谈的筹码，普鲁士政府感到自己受了极大的欺骗。特别是那些在1805年曾极力主张加入反法联盟的人对此更是愤慨，他们断言，如果当时毅然决然地加入反法联盟，便会预防奥斯特里茨的失败，也不致使普鲁士今天在同拿破仑面对面的斗争中陷入孤立无援的境地。
这时，拿破仑为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，莱茵同盟正式形成。参加同盟的有巴伐利亚、符登堡、巴登等16个西部和南部的德意志国家。这个同盟选举拿破仑为自己的保护人。为了对皇帝的"保护"表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破仑提供63000名士兵。许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝们的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。整整存在了1000年的"神圣罗马帝国"名存实亡。1806年8月，奥地利皇帝根据拿破仑的建议，取消了"神圣罗马帝国"，废除了"德意志皇帝"的称号。
与此同时，拿破仑开始在被占领地区给身边的高官重臣、兄弟亲戚封王封爵。缪拉元帅为克累弗和贝格大公爵，贝尔蒂埃为纳夏泰尔大公，路易·波拿巴为荷兰国王，塔列兰为贝涅维特大公，贝尔纳多特为本特·科尔诺大公，康巴塞雷斯为巴马公爵，勒布伦为起亚琴察公爵，这些人是拿破仑在这些地区的全权代理人。
莱茵同盟的成立及占领区各重要官员的任命使得普鲁士极为不安。普鲁士看到拿破仑的权力已深入到德意志的心脏，直接威胁着普鲁士的领土完整，反法情绪日益高涨。1806年4月8日，普鲁士向法国发出最后通牒，要求法军立刻从德意志土地上撤出。拿破仑根本不予理睬。6月，拿破仑公开向立法院宣布，他有45万军队，而且有足够的经费来维持，不用借贷，也不会发生赤字。同时他将20万军队集中到莱茵河两岸的阿尔萨斯、洛林和莱茵同盟各国。拿破仑的所作所为激起了普鲁士主战派的狂热情绪，他们咒骂国王是胆小鬼，不敢去碰一碰科西嘉岛的小矮子，同时谴责主和派首领豪格维茨是祖国的叛徒。软弱无能的国王正逐渐受到主战派的控制。
7月6日，俄国外交官乌布里来到巴黎，名义上是来谈判，实际上是来探听英法之间的和平究竟有多大可能。两个星期后，塔列兰与乌布里签订了法俄和约的初约。不过，俄皇亚历山大并不急于批准这项和约，他要看法国与亚尔默思勋爵谈判的结果如何。
英法两国在谈判桌上讨价还价，互不相让。这时传来一个意外消息：外交大臣福克斯去世了。福克斯是英国唯一竭力主张与法国议和的人，随着他的去世，英法谈判也宣告结束，俄皇也就拒绝批准法俄和约。
7月24日，普、俄就同法国作战问题达成秘密协定。根据协定：一旦普法战争爆发，俄国则用武力援助普鲁士。这时期鲁士与英国的关系十分微妙，尽管两国表面上因汉诺威问题处于剑拔弩张的紧张状态，而实际上，英国正极力怂恿普鲁士对法作战，并保证提供大量英镑支援。这样，以俄普为中心、由英国提供经费的第四次反法联盟又开始形成。
普鲁士的军官们热血沸腾，磨刀霍霍，决意要为祖国所遭受的侮辱、欺骗讨个公道，要对拿破仑的飞扬跋扈进行报复。路易莎王后和费迪南亲王成为这一派的首领。普鲁士的军队开始行动起来，一个个团队高唱着爱国歌曲经过柏林和马格德堡，向西方开去。国王和王后骑在马上检阅了集中在马格德堡及其西部地区的军队。
对于普鲁士的孜孜备战，拿破仑早已得到情报。8月份，拿破仑在德意志南部集中了19.2万人的大军。8月9日，普鲁士国王宣布总动员。8月25日，普鲁士召开了第一次军事会议，会上决定成立两个军团，由布伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥。另建立一支独立军，由吕歇尔将军指挥。71岁的布伦瑞克任总司令。此后，普军及其盟国萨克森军开始向南推进。9月底，他们集结在一条宽70英里的正面上，中路是布伦瑞克指挥的第一军团7万余人，左路是霍恩洛厄指挥的第二军团5.5万人，包括萨克森士兵在内。右路是吕歇尔将军指挥的独立军5万人，其中包括两个萨克森师。
普鲁士军队曾在菲特烈大帝时威震一时，一些宫廷长官、军事将领以及路易莎王后至今仍对其军队的威力深信不疑。他们认为，只要普鲁士军队给拿破仑以勇敢的一击，拿破仑的大军就会一败涂地，保王党就可以在后方举行暴动，拿破仑的政权会因此被推翻，波旁王朝可以轻而易举地复辟。然而，这些自信的人却忽略了一个事实，那就是如今不是菲特烈大帝时代，普军的后勤、武器装备大多停留在50年前菲特烈大帝时代的水平，其战术思想仍固守传统的"线式战术"那一套，僵硬的队形、迟缓的动作和有顺序的排枪仍被认为是战无不胜的，而对法军宽松的队形和比较放任的射击纪律不屑一顾。普军对于法国革命后法军所发展的机动性和战术弹性简直毫无所知。普军的将军亦多年老保守者，年轻有才干的人很难有机会破格提升。这些年老保守者一味以菲特烈时的老将自居，妄自骄矜，对新情况，新战术漠不关心，且又重视排场、形式而不重实效。更为严重的是普将之间互不服气，指挥难以统一，这必将导致行动迟缓，各行其事。所有这些，已预先决定了这场大战的胜负。
9月25日，拿破仑离开巴黎。3天后，抵达梅因兹。至此，他对敌人的行动、实力及作战计划不甚了解，他所知道的仅为萨克森和普鲁士缔结了同盟，他必须对付他们的联合兵力。法国陆军对这个新战场很不熟悉，因此，拿破仑坚持在尚未发动作战之前应尽量搜集一切有关地形的情报，他派工兵军官前去侦察从图林根森林通往普鲁士和萨克森的道路。10月1日，拿破仑写信给贝尔蒂埃说："我希望你把曾作道路侦察的工兵军官留在符兹堡，因为我要亲自询问他们有关地形性质的问题。……在班堡要建立一个面包制造厂，能供给8万人4天的口粮。班堡为一切军事行动的中心。假使我们被岂不得不如此，则我想能在10日前发动进攻。"
实际上，此时的普军仍未有明确的作战计划。9月24日和25日，普军诸将会于瑙姆堡，商议作战计划。霍恩洛厄的意见是：布伦瑞克主力军团迂回图林根山，由法兰克福方向前进，以一部守备该山；自己率军越过法兰肯森林，经拜律寺、班堡前进；吕歇尔军在右翼游动，取守势。总司令布伦瑞克则认为：以霍恩洛厄军的一个师对付、牵制拜律寺方向的法军；其余的师均与主力会合，越过图林根山，经爱尔富特至维尔茨堡取攻势，切断法军交通线，奇袭其营地；吕歇尔军则向法兰克福大道前进，牵制东进的法军。两种方案引起了激烈争论，两位将军各执己见，互不相让。普王见此情景，只好将两种方案来个折衷，以主力越图林根山，霍恩洛尼越法兰肯山，同时进入南德。然而，双方仍不满意。这时，又有人提出了第四种方案、第五种方案。命议连续开了10天，仍然没有得出结果，只好暂时休会。
10月3日，拿破仑来到符兹堡，会见了侦察地形的工兵军官，布莱门上校就是其中之一。布莱门上校曾冒充萨克森军官，大摇大摆地通过普鲁士防线，他经过柯堡、耶拿、萨尔费德，最后抵达瑙姆堡，为拿破仑带回了大量重要情报和资料。拿破仑听取汇报以后，估计敌军主要展开在耶拿——埃森纳赫一线，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部队进行掩护。根据这个判断，拿破仑决定：集中法军主力于右翼，以缪拉指挥的6个骑兵师为前卫，向拜律寺和霍夫方向实施主要进攻，大胆迂回普军左翼；同时，以路易·波拿巴指挥的兵力在法兰克福方向牵制普军的行动，并充当法军的总预备队。为了实施上述计划，拿破仑将法军划分为左、中、右三路纵队，分别向前开进。左路为拉纳的第五军、奥热罗的第普军，沿科堡、鲁多尔施塔特之线开进。中路为贝尔纳多特的第一军、达武的第三军、近卫军和骑兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯内克之线开进。拿破仑的大本营随该路行动。右路为苏尔特的第四军、内伊的第六军和巴伐利亚军，沿安贝克、拜律寺、霍夫之线开进。拿破仑大军在30英里宽的正面上以三支平行纵队前进，各军都处在可以相互支援的距离内。
负责指如右路法军的第四军军长苏尔特，在这个迂回普军左翼的计划中处于举足轻重的位置。为了使他对自己的战略计划有着精确的了解，拿破仑不厌其烦地向他详细解释自己的意图。10月5日，他特意写了一封信给苏尔特，信中道："我要分三路侵入萨克森，……当你到达霍夫时，其他各纵队也都会到达与你平行的位置。我通常将在中央纵队的头部。以如此巨大优势的兵力集中在狭窄的正面上，你应能认清我是不允许敌人有任何机会的。不管敌人怎样部署，我都要以两倍于他的兵力向他进攻。""我相信骑兵是普鲁士陆军中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能构成方阵，则也就没什么可怕了。不过，在战争中任何预防措施都是不可疏忽的。在你的各师中务必携带3000到5000挖拙工具，以便必要时可以构筑防御阵地，甚至一条壕沟也都是有用的。""假如你所遭遇的敌军兵力少于30000人，你可以与内伊会合后，再向其作集中攻击；但假使敌人已据有良好的防御阵地，则行动必须慎重。到达霍夫之后，你的首要任务是与罗本斯坦、艾贝斯多夫和希莱兹建立联系。那时我将在艾贝斯多夫。当你离开霍夫时所获得的情报可以决定你的下一次行动，或者向中央靠拢，或者再向疲劳恩前进。依照我今天所获的报告，敌人似乎是趋向我的左翼，因为其主力似乎是在爱尔富特。""我必须坚持对于你一路所发现的任何事情都应该经常向我报告，以便让我了解敌情的变化。你也可能会想到运用这样一个20万人的营方阵是一种卓越的成就，那必须有相当的技巧和许多行动。"
拿破仑之所以对自己的战略计划作如此详细的解释，是因为他把这种"营方阵"即20万人的3支平行纵队以30英里宽的正面前进看成是战胜普军的关键所在。一旦在正面上碰到敌人，他可以用一个纵队迎敌而用品他两个纵队来迂回；如果敌人在侧面上出现，两军可以立即左右展开迎敌，而其余兵力则为支援。
10月7日，拿破仑接到普鲁士国王的最后通牒：要求所有法军撤出日耳曼领土，否则，"西西里岛晚钟事件"将会重演。这是拿破仑开始战争的最好借口。法军开始通过人口稀少的图林根地区向北进发，每人携带4天口粮。在符兹堡、班堡和弗赫汉还准备了10天的补给量。
普军直到10月5日才统一作战方案，其计划是：主力集结于埃森纳赫、戈塔、爱尔富特一线，并向西南前进；左侧由霍恩洛厄军团掩护，费迪南亲王指挥的前卫从耶拿向南进到萨尔费尔德，陶恩齐恩的萨克森师则向霍夫挺进；吕歇尔军于右翼牵制法军。
普军的调动十分缓慢，因为当时期鲁士人尚未采用军的编制，总司令的命令必须分传给14个师。与此相反，拿破仑的命令只须传给6位军长，每个军团接到命令后，立刻起程，一路上马不停蹄，昼夜行军。6个军所组成的营方阵如同压路机一样迅速地向前滚动。
10月8日，缪拉的前卫在霍夫遇上陶恩齐恩的萨克森师。法国旗兵如旋风一般向敌人卷去，萨克森士兵哪见过如此强大的阵势，没战多久便仓皇北退。刚退到希莱兹，又碰上贝尔纳多特的前卫。萨克森师腹背受敌，损失惨重。
10月10日，拉纳元帅逼近萨尔弗尔德城，霍恩洛厄军团前卫费迪南亲王率领的9000人正驻扎在此地。费迪南亲王年轻有为，精力充沛，但缺少实战经验，又刚愎自用。他不顾一切向法军发起进攻，双方展开一场激战。由于费迪南亲王兵力有限，很快就被法军打垮。但费迪南亲王仍不服输，亲自参加肉搏战，一位法军下级军官大声喝道："上校，投降吧，否则就叫你去见上帝。"亲王一声不吭，举刀便向这位军官砍去，这位军官举刀回敬，刀尖刺进亲王上身，亲王当场倒毙。
普军的初期失败，使得布伦瑞克大为惊慌。尤其是费迪南亲王的阵亡，给整个大军罩上了一片愁云。这时布伦瑞克猛然发现了自己犯了一个严重错误：向符兹堡前进恰好使自己的左面和后方暴露在法国优势兵力之下。于是，他决定立即退到马格德堡和易北河谷，以便掩护其与柏林之间的交通线。右边的吕歇尔军也奉命退回魏玛，霍恩洛厄军则奉命将兵力集中在耶拿以西的高原上以保护左翼。
10月11日，苏尔特的右翼纵队已经到达疲劳恩，贝尔纳多特的中央纵队在奥马之北，左翼的拉纳已进入萨尔费尔德。苏尔特在9日夜间送回一个情报，说敌军正在从疲劳恩退向吉拉，拿破仑断定敌军主力会集中在此地，并准备在此地进行大会战。可不久，缪拉又报告说，他的骑兵已通过吉拉，并未发现敌人踪影，萨克森部队似乎已向西通过罗达退往耶拿。拿破仑不得不推翻先前的判断。现在法军的三支纵队已相当集中，可拿破仑对敌人的部署还是一无所知。
10月11日午夜之后，拿破仑在奥马接到缪拉的报告，至此，他才对敌军的位置获得一点线索。这时，法军又截获了一些敌方文件。从文件中分析，拿破仑估计普军主力在爱尔富特和魏玛之间。12日凌晨4时，拿破仑向拉纳发出指示："所有截获的文件都显示敌人已经丧失其头脑。他们昼夜高谈，但不知如何决定。你应能明了我军正在集中，我要切断他们到柏林的道路。现在就是要遇着敌人就猛攻，以求将其各个击破，而不让他们集中。"
同时，他又给缪拉下命令说："午前我将赶到吉拉。你知道我还在包围敌人，但我必须有关于其意图的情报。在柴兹的邮政局也许可以向你提供若干情报。在前进时，要勇敢地攻击一切敌人。达武元帅正在把他所有的骑兵直接送往瑙姆堡。凭着你的骑兵你应能横扫整个莱比锡平原。"
拿破仑此时对胜利充满信心，他写信给塔列兰说："情况发展完全和我两月前在巴黎所算计的一样；我从来没有错过，一切都使我深信普鲁士人绝无幸免的机会。他们的将领完全是白痴。"
在处理完繁忙的军务之后，拿破仑总忘不了给皇后约瑟芬写信，这是他历来的习惯。10月13日凌晨2时，他给约瑟芬写信道："我的事务进行得颇为顺利，一切都恰如我所希望的。……我的健康极佳，尽管每天气马或乘车要走45英里到60英里，但体重反而增加。我8时入睡而午夜起床。"
13日上午9时，苏尔特、奥热罗、内伊、拉纳四军奉命集兵耶拿，准备渡过萨勒河，前去攻击正集中在魏玛和爱尔富特之间的普军主力。同时，拿破仑命贝尔纳多特军和达武军听到耶拿炮声后，立即攻击普军左翼。
13日下午3时，拉纳送来报告，说法军已经占领耶拿城，并将12000人的敌军赶向魏玛。另外，法军还发现有30000敌军驻在耶拿以西3英里的魏玛大道上。拿破仑兴奋不已，他断言一场与其军主力的大会战即将开始，普军是兔子尾巴长不了了。1小时后，拿破仑赶到耶拿，他徒步登上耶拿城西北1英里半的兰德拉芬高地，仔细观察了敌军前哨所扼守的阵地。他命拉纳守住这块高地，以掩护耶拿附近萨勒河上的渡口。
13日夜间，大雾笼罩着萨勒河谷及其四周的高地，法军借助着这浓雾，神不知鬼不觉地整夜沿着狭窄弯曲的小路调动兵力。
正如拿破仑所料，普军13日之前在魏玛、耶拿一带集结兵力达18万人，数量对法军处绝对优势。此时若能积极迎战，尚可与法军抗衡。然而，大战即将来临，普军的战守之策仍存分歧。一种意见认为普军应转进北方，另一种意见则认为应趁法军渡河之机发动进攻。军事会议在大本营开了9小时，久议不决。在军情紧急之际开如此冗长的会议，丧失了宝贵的战机和时间，法军得以更多地集兵，形成对耶拿的包围之势。13日，普军得知要地瑙姆堡被达武军所占，顿时震骇。布伦瑞克早无决战之意，便同意主力转进北方。普军临阵退却，无异于怯敌逃跑，这使本来就不甚明确、统一的作战计划更加混乱，士气极为低落。
法军集兵耶拿后，即作准备攻击。10月14日拂晓，天气异常寒冷，晨雾越来越浓，拿破仑由一群侍卫簇拥着，骑着马来到部队中间，检查战斗前的准备情况。他们打着火把行进，有意大声喧哗。拿破仑不时地同士兵和军官们交谈，激励他们的斗志，他一再宣称：今天气鲁士军队的处境，就和一年前奥地利军队在乌尔姆的处境一样。拿破仑走到哪里，哪里就是一片欢呼声。欢呼声穿过浓雾，传到了普军兵营，普军个个心惊胆颤，预感到厄运的来临。
6时许，拿破仑下令攻击，法军乘雾而进。拿破仑万万没想到此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北退了。战斗一开始，法军就占了上风，霍恩洛厄的几个师被打得落花流水。拉纳军继续攻击前进，霍恩洛厄命20000人排成密集的横队，向拉纳军团发起猛烈攻击。拉纳见敌众我寡，命军队采取守势。刹那间，法军不见了，只见一颗颗子弹、一串串炮火从房屋后、从果园里、从断墙边不断朝密集的普军飞来。于是，军事史上最出奇最不幸的怪事出现了：一个极为壮观的步兵阵线，在整整两个钟头内，站立在开阔地带上，任其法军无情火力的扫射，而毫无还手之力，因为他们根本找不到还击的目标。普军死伤枕藉。
霍恩洛厄见情势危急，急派人向在魏玛的吕歇尔军求援。吕歇尔军距此地仅10公里，但迟迟不至。萨克森师也未能及时投入战斗。与此同时，法军却是援兵迭至：苏尔特军团的二个师已进至拉纳军团的右翼；内伊军团精兵一部也已参战；奥热罗军团第二师进至普军右翼萨克森附近；骑兵军团五个师亦将集于战场。10时左右，浓雾消散了，和煦的阳光照耀着威武雄壮的法国部队，显得那样精神抖擞，士气高昂。普军在法军的打击下，已奄奄一息。霍恩洛厄见形势不妙，终于不顾一切，把所有预备队都投入了战斗，企图坚持到吕歇尔援军的到来。
中午12时左右，拿破仑意识到发起最后攻击的时刻到了，立即将预备队、近卫军、骑兵军全部投入战斗，向已动摇的普军猛扑过去。普军抵挡不住，沿着山坡溃逃，法军穷追猛打，普军死伤者无数。与此同时，扼守魏玛公路的三个萨克森师全被围歼。
这时，霍恩洛厄还抱着最后一丝希望，就是援军马上到来，使溃散的部队躲在援军后面，以免全军覆没。不过，吕歇尔将军可没有他那样焦急。他接到求援信后，不慌不忙地将15000人排列整齐，缓缓而行。直到下午2时，吕歇尔的先头部队才与法军遭遇。普军排着整齐的队形，迈着稳健的方步，刚刚靠近法军，还没来得及排开战斗架式，就被蜂涌而至的法军打得无法招架。15分钟内，损失兵力一半以上，幸存的普军纷纷掉转头来，朝着魏玛方向猛逃。在法军旗兵的追击之下，吕歇尔身负重伤，差点丧命。
下午4时，法军成纵队追击普军的残兵败将。他们如秋风扫落叶一般横扫着一切，不抓俘虏，不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大都成为法军的刀下之鬼。夜幕降临时，追至魏玛的法军在一片胜利的欢呼声中得意地返回了耶拿城。到此时之止，拿破仑仍然认为他所击败的是普军主力。
拿破仑回到耶拿城时，第三军一个明托布里安的上尉已在那等候多时。这位上尉向拿破仑报告说：第三军在奥尔斯塔特击败了由布伦瑞克指挥的普军主力50000人，普鲁士国王和他的大本营也包括在内。拿破仑简直不相信自己的耳朵，他大声地对托布里安说："你们元帅把一个人当成了两个人吧！"可事实的确如此，托布里安的报告千真万确。
13日夜间，普王和布伦瑞克率领普军主力从爱尔富特和魏玛向北撤退，途经耶拿西北20多公里的奥尔斯塔特，普王决定在此地宿营，这时，已占领了瑙姆堡的达武军接到拿破仑的命令，叫他选择最短路线，尽快抵达耶拿以北的阿波尔达，威胁敌军左翼。达武军立即行动。14日6时，达武先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫施美陶的步兵师和布吕歇尔的骑兵师。达武先头部队立即构成方阵，集中火力射击，打退了普军旗兵的4次冲击。施美陶的步兵师因受火力阻拦，难以继续前进，便与法军形成对峙。10时许，达武军后续两师先后赶到，但普军的后续部队也于此时赶到。普军50000多人从左右两翼猛烈攻击达武的20000多人，达武处境十分危险。
这时，就在奥尔斯塔特附近的贝尔纳多特军明知达武处境危险，却见死不救。贝尔纳多特素与达武关系不和，他觉得去协助达武作战有失尊严。幸好普军仍拘泥于横队密集型的"线式战术"，呆板的方阵很快就受到法军灵活机动的火力杀伤。普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，不想被弹丸击中双眼，造成致命重伤，被抬出战场。普军群龙无首，各师各自为战，很快就处于不利地位，普王只得下令向魏玛方向撤退，准备与霍恩洛厄和吕歇尔两军会合，明日再战。
普王撤退途中，正好与耶拿战场上的残兵败将迎头相撞，他不禁仰天长叹道：一切都完了。两股败军合在一起，形成一股混乱的人流，没命地向魏玛方向逃跑。法军旗兵在后面紧紧追赶，战刀在败兵耳边呼呼作响，人人惊恐万状。路易莎王后，这位不久前还在疆场上鼓舞士气的巾帼英雄，这时也骑着马落荒而逃。两名法国旗兵举着马刀紧跟其后，王后吓得魂不附体。好不容易来到魏玛城门前，一支强大的法国龙骑兵又向她疾驰而来。王后见势不妙，不顾一切地冲进城去。城门关上了，王后终于捡了一条性命。
原想狠狠教训一下科西嘉穷小子的普鲁士国王，在战斗打响后一周就遭到了彻底失败。特别是10月14日这一天，法军一下子取得了耶拿和奥尔斯塔特两大战役的胜利，普军几乎全军覆没。拿破仑对部下的英勇作战非常满意，对达武以20000人的劣势兵力打败50000人的普军主力更是称赞不已。但有一人使拿破仑很不高兴，那就是贝尔纳多特。他对贝尔纳多特不去援救达武非常恼怒。他在瑙姆堡当着一批军官的面说："我要是把他提交军事法庭，他准会被枪决。我不对他说这些，但是他不至于不明白我对他的行为是怎么想的。他有很强的荣誉感，自己不会不知道他的行为是可耻的。"因贝尔纳多特的妻子是拿破仑过去的恋人，是约瑟夫妻子的姨妹，凭着裙带关系，贝尔纳多特没受重罚。
普军在继续溃退，拿破仑估计普军的自然退却方向为马格德堡，于是，10月15日，法军兵分三路，开始了战史上著名的大追击。普军在溃退过程中，人数一天比一天地减少，绝望的惊恐心情一天比一天地加重。16日清晨，普军败退部队指挥官美伦多夫在爱尔富特率军万人向缪拉投降。普王害怕法军右路部队的追击，不敢回柏林，而是东向俄国求救。10月20日，霍恩洛厄避开法军，将各军团近40000多名残兵聚集起来，守御马格德堡。这些残兵个个赤手空拳，垂头丧气，霍恩洛厄料想这支队伍难以力敌，自率24000人分三路退往斯德丁堡。10月28日，霍恩洛厄在普伦茨劳被缪拉军团团团围住，不得不率军万人、马1800匹、炮64门投降。
就在霍恩洛厄投降的前一天，拿破仑随同4位元帅、骑兵掷弹兵、近卫轻骑兵得意洋洋地进入柏林。柏林市长毕恭毕敬地把首都钥匙交给了拿破仑，请求他赦免柏林。拿破仑下令商店继续营业，生活照常进行。柏林市民怀着恐惧和尊敬的心情迎接了拿破仑，表现出绝对的服从。拿破仑来到柏林市中心广场，这里竖着腓特烈大帝的半身塑像。拿破仑压低剑头，率先脱帽向腓特烈大帝致敬，军官们纷纷效仿。在普鲁士王宫里，拿破仑找到了腓特烈大帝的宝剑、他的颈甲以及勋位绶带和闹钟，他让人把这些东西带回巴黎，交荣军院保存，他说："在缴获的普鲁士国王的珍宝中间，我最喜欢的就是这些战利品。我要把这些东西送给参加过汉诺威战役的老兵，他们将会把这些东西作为伟大军队的胜利和罗斯巴赫战役失败后所进行的复仇的象征珍藏起来。"同一天，拿破仑还命令把腓特烈大帝为纪念法国人在罗斯巴赫的失败而建立起来的纪念圆柱运回首都去。
拿破仑进驻柏林后，命令部队继续追击普军的最后残余。这时，布吕歇尔和魏玛公爵又从四散逃命的败兵中集合了20000多人，向北逃去。一路上受到贝尔纳多特、苏尔特和缪拉三位元帅的猛烈追击。布吕歇尔进入了靠近丹麦国境的卢卑克。丹麦国王出于对拿破仑的恐惧，坚决不准布吕歇尔入境。11月7日，三位元帅进入卢卑克，一场激烈的巷战开始了。布吕歇尔的这群乌合之众哪是法军对手，不多一会，就有6000士兵被击毙或俘获。布吕歇尔带着14000人冲出城去。傍晚时分，在卢卑克近郊的平原上，布吕歇尔及其队伍被法军团团围住，只得放下武器投降了。
在法军的严厉打击下，普鲁士到处笼罩着绝望和沮丧，许多强大的城堡不加任何抵抗，就惊恐万状地投降了。马格德堡是普鲁士最后一个尚未投降的要塞，11月8日，克莱斯特将军带领全部守军向法军投降，这个号称第一流的强大要塞落入法军手中。至此，普鲁士战役全部结束，几乎所有普鲁士城市都在法国当局的控制之下。
拿破仑从来没有像现在这样得意过。以弗里德里希大王的尚武精神培养起来的普鲁士军队，自诩为欧洲最强大的军队，被他打得落花流水。在短短的一个月以内，作为欧洲四大国之一的普鲁士消失了，整个欧洲为之震惊，德意志各小国更是惊恐万状，他们赶忙派人到波茨坦宫向拿破仑表示归顺。他们跪拜在他的面前，祈求宽恕和庇护；他们向他阿谀奉承，保证自己对他的忠诚之心。拿破仑陶醉在胜利之中，似乎整个世界已踩在他的脚下。
普鲁士国王、路易莎王后以及他们的小朝廷极可怜地在其他地方流浪之后，躲藏到普鲁士王国边境小城美默尔城。普王没料到他的各邦在这么短的时间里都落入拿破仑之手，很后悔发动这场战争。他致书拿破仑请求休战，拿破仑回答说："太晚了！但是不要紧，我希望停止继续流血，准备听取不至于损害这个国家的荣誉和利益的任何条件。"他召来了迪罗克将军，告诉他："代表我看望每一个伤兵，发给他们需要的一切慰问品。然后去找普鲁士国王，如果他提出合理的建议就报告我。"
于是，普法双方开始谈判。拿破仑提出：将易北河以西的地方全部割让给法国；普鲁士赔偿军费1亿法郎；承认萨克森及易北河以西的德意志诸邦加入"莱茵同盟"；普鲁士将华沙、波森交还给法国等。后来又提出将但泽等9个要塞让与法国。尽管条件很苛刻，但因普军已溃散，普王只好在11月6日暂时承诺了这些条件。
拿破仑被战争的胜利捧到了不可一世的地位，自我意志无限扩张，谋求新的胜利、新的荣誉、新的权力、新的空间已成为他生命中不可缺少的一部分。他决定要给英国以致命的打击，1806年11月22日，拿破仑在柏林颁布了著名的"大陆封锁令"，强迫整个大陆屈从自己的意志，同英国在经济上打一场殊死战。
外交大臣塔列兰被召到波茨坦宫谒见皇帝，皇帝命令他立即向一切附庸国或半附庸国发出"大陆封锁令"。这一法令宣布英国各岛处于被封锁状态，禁止欧洲大陆各国同它们有任何通商往来；法国及其盟国军队不论在何处发现英国货物和臣民，将分别予以没收和监禁；任何违反此令的船只，都将作为战利品加以扣留。总之，凡是法国势力所及之处，都不得同英国有任何交往，否则都被认为是犯罪，是对拿破仑尊严的背叛。拿破仑命令元帅们尽可能逐步完全地占领北海和波罗的海沿岸地方，在那里派上法国税吏和宪兵，以杜绝和消灭走私行为。
欧洲以沉默的、恐惧的顺从态度接受了封锁法令。这一法令暂时斩断了英国和欧洲的联系，这对一直用别人的手发动一次又一次反法联盟的英国是一次极为沉重的打击。英国还从来没有同如此强大的对手较量过，它的英镑暂时失去了作用，它唆使别人为自己火中取栗的政策暂时失去了活动场所，英国第一次面临着整个欧洲大陆的挑战。这是一次殊死的搏斗，英国为了摆脱困境，又一次去找它的盟友俄国，告诉亚历山大，如果他再恢复同拿破仑的斗争以拯救普鲁士，英国将给予他财政上的支持。英国也去找了奥国，但奥国仍对奥斯特里茨战役中的惨败心有余悸，而且奥国也极愿意看到普鲁士的毁灭，因为普鲁士在1805年没有参加第三次反法联盟。尽管奥国在犹豫不决，但在彼得堡，英国如愿以偿了。
11月21日，普王在奥斯泰罗德召开御前会议，讨论和约之事。会上意见分歧极大，斯坦因、福克斯和贝米等重臣坚决反对这些丧权辱国的条件，而主和派豪格维茨等则主张忍让。正在争论之时，传来消息说英国已说服俄国帮助普鲁士对付法国，俄国军队已在西进之中。普王精神为之一振，决定拿起武器再战，以雪亡国之耻。
12月1日，普王下诏整顿军队，严惩失职将领。什切青、马格德堡等要塞守将，因不战而降，被撤职查办；作战不力而降、临阵脱逃者也处以严刑；英格尔里本因弃守库斯特林而被处死。普鲁士军民激于覆军亡国之痛，也都愿意武装再战。
法国派往各国的间谍很快将英俄谈判的情况报告给了拿破仑皇帝。拿破仑一面实施大陆封锁的各种措施，一面征召军队，准备将俄国军队消灭在西进途中。